Durée de conservation des factures pour la TVA en Suisse

La question revient chaque année dans les PME et chez les indépendants genevois : combien de temps faut-il garder ses factures pour être en règle avec l'Administration fédérale des contributions (AFC) ? La conservation des factures TVA n'est pas un détail administratif : c'est une obligation légale précise, avec un délai fixe, des règles de forme strictes et des conséquences réelles en cas de contrôle. Si vous cherchez la durée de conservation des documents TVA, la réponse tient en un chiffre : 10 ans. Mais derrière ce chiffre se cachent de nombreuses subtilités qu'il vaut mieux connaître avant qu'un contrôle fiscal ne vous les rappelle.

Le délai légal de conservation : 10 ans, sans exception majeure

En droit suisse, l'article 958f du Code des obligations (CO) fixe la règle générale : les livres comptables, les pièces comptables, le rapport de gestion et le rapport de révision doivent être conservés pendant 10 ans. Ce délai s'applique aussi bien aux factures émises (factures clients) qu'aux factures reçues (factures fournisseurs), ainsi qu'à tous les justificatifs qui permettent de reconstituer une transaction : bons de commande, contrats, relevés bancaires, décomptes de salaires, décomptes TVA.

La Loi sur la TVA (LTVA) renvoie explicitement à cette même durée de 10 ans pour les documents nécessaires au contrôle de l'assujettissement et du calcul de l'impôt. Concrètement, cela signifie que :

• le délai commence à courir à la clôture de l'exercice comptable concerné, et non à la date d'émission de chaque facture ;
• il s'applique à toutes les entreprises assujetties à la TVA, quelle que soit leur forme juridique (raison individuelle, Sàrl, SA) ;
• il concerne aussi bien les documents papier que les documents électroniques.

À titre d'exemple : une facture émise le 3 mars 2026 devra être conservée jusqu'à la fin de l'année 2036, puisque l'exercice 2026 se clôture au 31 décembre 2026 et que le compteur des 10 ans démarre à cette date.

Un cas particulier : les immeubles et l'option TVA

Pour les biens immobiliers ayant fait l'objet d'une option pour l'imposition volontaire (location de locaux commerciaux par exemple), l'AFC peut exiger la conservation des pièces justificatives pendant une durée plus longue, en lien avec le délai de correction de la déduction de l'impôt préalable, qui peut s'étendre sur 20 ans pour les biens immobiliers. Si votre activité inclut de l'immobilier commercial, mieux vaut prévoir un archivage étendu par prudence.

Quels documents sont concernés par cette obligation ?

La notion de « facture » au sens de la TVA est large. L'obligation de conservation ne se limite pas au document final envoyé au client, elle couvre l'ensemble de la piste de vérification (« audit trail ») exigée par l'AFC.

Sont notamment visés :

• les factures de vente (y compris les factures QR, notes de crédit et avoirs) ;
• les factures d'achat et de fournisseurs, y compris les factures liées à l'acquisition de prestations de l'étranger ;
• les décomptes TVA périodiques et leurs annexes de calcul ;
• les justificatifs d'exportation et documents douaniers, essentiels en cas de TVA à l'importation ;
• les contrats, bons de livraison et bons de commande qui permettent de justifier une opération ;
• les extraits de comptes bancaires et postaux ;
• les pièces liées à la part privée d'un véhicule d'entreprise, un sujet fréquemment contrôlé par l'AFC.

Si vous n'êtes pas encore au clair sur la nature de vos obligations d'assujettissement ou sur le fonctionnement général de la TVA pour votre activité, notre article sur la TVA pour les indépendants à Genève détaille les bases utiles avant même de parler d'archivage.

Format papier ou numérique : ce que dit l'AFC

Bonne nouvelle : la Suisse admet pleinement l'archivage électronique, à condition de respecter certaines règles techniques issues de l'Ordonnance sur les livres de comptes (OLICo) et des directives de l'AFC concernant la gestion électronique des documents (GEVER/GEDA).

Les conditions pour un archivage numérique valable

Pour qu'un document numérisé remplace valablement l'original papier, il doit répondre aux critères suivants :

En pratique, la majorité des PME romandes optent aujourd'hui pour une solution numérique complète, qui simplifie à la fois la facturation et l'archivage. Un logiciel de comptabilité suisse conforme aux exigences de l'AFC permet de générer, classer et conserver automatiquement les pièces comptables sans risque de perte.

Le cas des factures QR

Depuis la suppression des bulletins de versement traditionnels, la quasi-totalité des factures suisses utilisent désormais le format QR. Si vous générez vos factures via la facture QR suisse avec MyBills ou un générateur de facture QR, les fichiers numériques (PDF avec QR-code) constituent la pièce justificative originale : ils doivent être archivés selon les mêmes règles que toute autre facture, avec leur référence de paiement et la preuve de règlement associée.

Pourquoi respecter ce délai est essentiel

Le non-respect de la durée de conservation des documents TVA n'est pas anodin. En cas de contrôle de l'AFC — qui intervient généralement tous les 5 ans en moyenne pour les PME, parfois plus tôt en cas d'anomalie détectée dans les décomptes — l'absence de justificatifs peut entraîner :

• une taxation d'office, souvent défavorable à l'entreprise, basée sur une estimation de l'AFC ;
• le refus de la déduction de l'impôt préalable faute de facture conforme ;
• des rappels d'impôt assortis d'intérêts moratoires au taux de 5 % ;
• dans les cas graves, une procédure pour soustraction d'impôt.

Le contrôleur de l'AFC peut demander à tout moment, pendant les 10 ans, la présentation d'une facture précise. Un archivage désorganisé fait perdre un temps précieux et donne une mauvaise image de la tenue comptable de l'entreprise, ce qui peut inciter l'AFC à élargir le périmètre de son contrôle.

Si un contrôle révèle des erreurs dans vos décomptes passés, il est possible de les corriger via la procédure de finalisation annuelle : notre article sur la finalisation annuelle TVA et la correction du décompte explique comment procéder proprement, ce qui suppose justement d'avoir gardé toutes les pièces sous la main.

Bonnes pratiques d'archivage pour les PME et indépendants genevois

Pour éviter le stress d'un contrôle et gagner en efficacité au quotidien, voici quelques réflexes simples à mettre en place :

• Centraliser toutes les factures (émises et reçues) dans un seul système, plutôt que de les disperser entre boîtes mail, classeurs papier et clés USB ;
• Nommer les fichiers de façon cohérente (date, numéro de facture, nom du client ou fournisseur) pour les retrouver instantanément ;
• Sauvegarder en double, idéalement avec une copie hébergée en Suisse pour des raisons de protection des données ;
• Séparer les exercices comptables clôturés, avec une date de destruction programmée après les 10 ans ;
• Vérifier régulièrement que les factures numériques restent lisibles (formats obsolètes, fichiers corrompus) ;
• Anticiper le changement d'outil ou de fiduciaire en exportant l'historique complet plutôt qu'en le laissant dans un ancien logiciel qui pourrait devenir inaccessible.

C'est précisément ce type d'organisation que propose un outil comme MyBills, pensé pour les PME et indépendants suisses : chaque facture, note de crédit et décompte TVA est stocké automatiquement et reste accessible pendant toute la durée légale, sans dépendre d'une clé USB égarée ou d'un classeur oublié dans un tiroir. Pour les artisans et professions manuelles, un outil dédié comme le logiciel de facturation pour électriciens ou le logiciel pour peintres-plâtriers intègre directement cet archivage sans démarche supplémentaire.

Cas particuliers et questions fréquentes des PME genevoises

Que faire en cas de cessation d'activité ?

L'obligation de conservation ne s'arrête pas à la fin de l'activité. Même après une radiation du registre du commerce ou la fin de l'assujettissement à la TVA, l'ancien exploitant (ou ses ayants droit) doit conserver les documents jusqu'au terme des 10 ans. Il est recommandé de désigner une personne responsable de cet archivage, notamment en cas de liquidation de société.

Et pour les documents liés à des opérations transfrontalières ?

Les entreprises actives à l'international (importations, prestations de services numériques transfrontalières) doivent être particulièrement rigoureuses, car ces flux sont statistiquement plus souvent contrôlés. Si votre activité comporte des importations, consultez notre guide sur la TVA à l'importation en Suisse pour connaître les justificatifs douaniers à conserver en parallèle des factures commerciales.

Conclusion : anticipez plutôt que subir

La conservation des factures pour la TVA en Suisse répond à une règle claire — 10 ans, documents papier ou numériques, factures émises comme reçues — mais son application concrète demande de la rigueur au quotidien. Plutôt que d'empiler des classeurs ou de multiplier les dossiers numériques mal organisés, autant s'appuyer sur un outil qui gère automatiquement la facturation, la comptabilité et l'archivage conforme aux exigences de l'AFC. C'est exactement ce que propose MyBills aux PME et indépendants de Genève et de toute la Suisse romande : consultez les tarifs de MyBills et simplifiez dès aujourd'hui la gestion de vos obligations TVA, sans mauvaise surprise le jour du contrôle.